徐锡明

作者:张栋时间:2020-05-16

06511

徐锡明

博士

副研究员

硕士生导师

室:

海洋创新药物筛选与评价平台

办公电话:

0532-85902578

电子邮箱:

xuximing@ouc.edu.cn

联系地址:

山东省青岛市香港东路23号海洋药物研究院C301

研究方向:

1. 海洋药物筛选方法研究

2. 基于结构的药理学研究

3. 分子对接方法研究

个人简介

 

 

 

 

主要从事基于多学科交叉的海洋药物筛选方法研究,通过计算机辅助、生化模型,细胞模型等多种方法,研究不同靶点的药物筛选策略,并通过蛋白质晶体结构研究药物与靶点的相互作用,同时也为预测药物与靶点的相互作用研究精准的分子对接方法。近年来在PNAS等杂志上发表论文30余篇,主持国家自然科学基金、蓝色药库一类新药研发管线、青岛市科技惠民示范引导专项项目。

教育背景

 

 

 

 

2010.09~2014.09

法国巴黎第七大学功能与适应生物学部

生物化学

博士

2007.09~2010.06

兰州大学生命科学学院

生物物理

硕士

2003.09~2007.06

兰州大学生命科学学院

生物技术

学士

工作经历

 

 

 

 

2018.10~

中国海洋大学医药学院

副研究员

 

2016.10~2018.09

江苏理工学院生物信息与医药工程研究所

副研究员

 

2015.11~2016.09

法国巴黎巴斯德研究所

博士后

 

2014.09~2015.11

法国巴黎心血管研究中心

博士后

 

 

承担课程

 

 

 

 

高等药物化学(研究生课程)

计算机辅助药物设计(研究生课程)

抗体药物工程(研究生课程)

生物化学实验(本科生课程)

研究进展

 

 

 

 

通过虚拟筛选快速发现药物是有效途径之一,随着新的技术不断出现,化学空间的可能性化合物数量巨大,从中有效挖掘可能的药物也存在着巨大的挑战,计算速度随着硬件的不断提升而获得了巨大的突破。然而在挖掘药物的准确性上,仍然存在着瓶颈。本课题组最近在分子对接软件上不断优化,提升其对构象预测的准确性。在吸取Autodock vinaLedock分子对接工具的优势上,形成Lavina分子对接工具,为进一步计算结合自由能提供可靠的构象。

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课题组针对化合物库容量小,结构难以获得的靶点的药物筛选采取基于生化和细胞模型的筛选方法。以发表于PNAS2019)上的文章为例,通过激光共聚焦快速获得带有荧光标记的脑膜炎双球菌聚集图像,并对聚集进行定量,评价化合物对细菌纤毛发生影响。课题组也长期研究基于Cys-His-Asp(Glu)催化三联体的酶的催化机制,并基于对该类酶的研究,建立基于生化模型的筛选模型,例如NATUSP7PLpro等酶。

从对靶点的结构和机制研究,到海洋一类新药的研发是本课题组的主要内容,结合不同计算方法和不同筛选模型的药物发现为蓝色药库提供新的思路。

 

代表性论文

[1]Zhang S, Wang Y, Sun Y, Zhao G, Wang J, Liu L, Liu F, Wang P*, Xu X*. 4′,7-Di-O-methylnaringenin (DMNG), a naringenin derivative, activates p53 signal pathway through down-regulating MDM2[J]. Journal of Functional Foods, 2022, 89: 104962.

[2]Zhao C, Xie Y, Xu L, Ye F, Xu X, Yang W, Yang F, Guo J. Structures of a mammalian TRPM8 in closed state[J]. Nature Communications, 2022, 13(1): 3113.

[3]Zhang S, Wang Y, Sun Y, Zhao G, Wang J, Liu L, Liu F, Wang P, Yang J*, Xu X*. Hinokiflavone, as a MDM2 inhibitor, activates p53 signaling pathway to induce apoptosis in human colon cancer HCT116 cells[J]. BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 2022, 594: 93–100.

[4]Wang J, Yu X, Ding Z J, Zhang X, Luo Y, Xu X, Xie Y, Li X, Yuan T, Zheng S J, Yang W, Guo J. Structural basis of ALMT1-mediated aluminum resistance in Arabidopsis[J]. CELL RESEARCH, 2022, 32(1): 89–98.

[5]Zhang S#, Wang Y#, Liu L, Zhao G, Sun Y, Wang J, Liu F, Wang P*, Xu X*. Virtual Screening Inhibitors of Ubiquitin-specific Protease 7 combining Pharmacophore Modeling and Molecular Docking[J]. MOLECULAR INFORMATICS, 2022,e2100273.

[6]Wang Y, Zhang S, Zhang Y, Yao F, Zhao G, Wang J, Liu L, Yang Y, Li X, Sun Y, Hu Y, Bai Z, Wang P*, Li R*, Xu X*. American Chemical Society, 2021. Screening and Evaluation of Flavonoids as Xanthine Oxidase Inhibitors for Reducing Uric Acid through Combined Cell Biology and Molecular Simulation[J]. ACS Food Science & Technology, 2021, 1(11): 2182–2191.

[7]Liu X, Liu Y, Zhao G, Zhang Y, Liu L, Wang J, Wang Y, Zhang S, Li X, Guo D, Wang P*, Xu X*. Biochemical Characterization of Arylamine N-acetyltransferases From Vibrio vulnificus[J]. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, 2021, 11.

[8]Li B, Zhou Q, Wang H, Zha Y, Zheng P, Yang T, Ma D, Qiu L, Xu X, Hu Y, Roig A, Yu S, Xue W. Mitochondria-targeted magnetic gold nanoheterostructure for multi-modal imaging guided photothermal and photodynamic therapy of triple-negative breast cancer[J]. CHEMICAL ENGINEERING JOURNAL, 2021, 403.

[9]Xu X#, Zhang W#, Berthelet J, Liu R, Michail C, Chaffotte A F, Dupret J-M, Rodrigues-Lima F. From transglutaminases (TGs) to arylamine N-acetyltransferases (NATs): Insight into the role of a spatially conserved aromatic amino acid position in the active site of these two families of enzymes[J]. BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 2020, 525(2): 308–312.

[10]Li Z, Li X, Huang Y-Y, Wu Y, Liu R, Zhou L, Lin Y, Wu D, Zhang L, Liu H, Xu X, Yu K, Zhang Y, Cui J, Zhan C-G, Wang X, Luo H-B. Identify potent SARS-CoV-2 main protease inhibitors via accelerated free energy perturbation-based virtual screening of existing drugs[J]. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2020, 117(44): 27381–27387.

[11]Aubey F#, Corre J-P#, Kong Y#, Xu X#, Obino D, Goussard S, Lapeyrere C, Souphron J, Couturier C, Renard S, Dumenil G. Inhibitors of the Neisseria meningitidis PilF ATPase provoke type IV pilus disassembly[J]. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2019, 116(17): 8481–8486.

[12]Xu X, Mathieu C, Berthelet J, Duval R, Linh Chi Bui, Busi F, Dupret J-M, Rodrigues-Lima F*. Human Arylamine N-Acetyltransferase 1 Is Inhibited by the Dithiocarbamate Pesticide Thiram[J]. MOLECULAR PHARMACOLOGY, 2017, 92(3): 358–365.

[13]Li S#, Wang L#, Xu X#, Lin S, Wang Y, Hao J*, Sun M*. Structure-Based Design and Synthesis of a New Phenylboronic-Modified Affinity Medium for Metalloprotease Purification[J]. MARINE DRUGS, 2017, 15(1).


 

项目课题

  1. 国家自然科学基金青年项目, 空间保守位点对芳香胺N-乙酰转移酶催化机制的作用,2020/01-2022/12,主持。

  2. 青岛市科技惠民示范引导专项, 新型冠状病毒肺炎防治的海洋药物筛选与疫情应对策略研究, 2020/02-2021/02, 主持。






 

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