实验室以项目合作为纽带，注重与国内外同领域知名科研院所进行广泛密切的学术合作与交流，在资源共享、人员互派、学术交流、科学研究等方面与中国医学科学院北京药物研究所、军事医学科学院药物毒物研究所、中国科学院上海药物研究所、上海有机化学研究所、昆明植物研究所、美国RPI和Michigan大学、德国Duesseldorf大学、法国UBO大学、丹麦Roskilde大学、加拿大McGill大学等国内外知名科研院所构建了密切的国内外合作。
2006年以来，实验室已经与英国帝国理工学院、加拿大McGill大学等合作承担科技部国际科技合作项目4项；参加国内外学术会议200人次， 20余人次应邀做大会或专题报告；主办了 “全国第十届海洋药物学术研讨会，参与主办了“全国海洋生物技术与海洋药物学术会议”暨“全国第九届海洋药物学术研讨会”，有7人做了大会特邀专题报告；有3人参加2009年美国糖复合物会议；共有20余人次参加“第17届Gordon海洋天然产物大会”、“AACR-NCI-EORTC Molecular Targets and Cancer Therapeutics Conference”重要国际学术会议；先后邀请了来自美国Marshell大学、清华大学、北京大学等国内外知名科研院所的专家65人次来实验室作学术报告或讲学、授课；有30余名研究生参加国内外学术会议，目前实验室有2人在国外从事博士后研究工作。以项目合作为纽带形成的国内外合作网络，不仅扩大了学院在国际和国内学术界的影响，而且在学术交流、前沿信息获取及科技攻关等方面架起了沟通交流的畅通渠道，为推动学科发展、提高研究水平创造了良好的外部环境和条件。
自2006年实验室启动建设以来，不断扩大开放度，吸引国内外同领域的优秀人才来室开展合作研究，促进了国内外的学术合作与交流，增强了实验室的国际影响力。实验室参照国家自然科学基金的管理办法，制定实施了《实验室开放课题基金管理条例》，从开放基金课题的申请、评审、中期检查、结题等各个环节统一规范了开放基金的使用与管理，保证了其顺利运行实施。在依托单位的支持下，实验室实施了开放基金课题的申报、评审工作，经过严格审查与评审，2007年-2011年，实验室批准开放基金课题16项。开放课题的持续顺利实施，扩大了实验室的开放度，促进了学术交流与合作，并提高了实验室研究的水平。